據(jù)試驗(yàn)一般條件下，秸稈還田后進(jìn)行連作，病蟲害有加重發(fā)生的趨勢(shì)。如在北方，麥秸還田后春小麥根腐病加重，在南方則小麥全蝕病加重；大豆秸稈還田后大豆根腐病和蟲害率提高。因此，秸稈還田更適合建立在輪作的基礎(chǔ)上，這樣秸稈還田的效果才能充分發(fā)揮。在輪作的基礎(chǔ)上進(jìn)行秸稈還田，是不會(huì)造成病蟲害大發(fā)生的。如果在連作情況下還田秸稈，可考慮采用秸稈翻耕還田的方法，而不能采用秸稈耙耕淺層還田的方法。同時(shí)，必須要加強(qiáng)病蟲害防治，以確保農(nóng)作物優(yōu)質(zhì)高產(chǎn)。
另外，由于秸稈還田增強(qiáng)了土壤微生物活性，加快了除草劑等在土壤中的降解速度，縮短了藥劑的殘效期。因此，在秸稈還田的土壤中施用化學(xué)除草劑等，特別是播前施用的，其有效施用劑量應(yīng)適當(dāng)提高。
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